コピーエディタは電子化された投稿物ファイルを直接使って原稿整理作業を開始します。原稿整理作業では、文章の流れの改善や意味の明確化に対する指摘や投稿物が雑誌のスタイルと形式（特に参考文献の引用形式）に準拠するための変更を行います。コピーエディタは、投稿物のコピーエディタ版を原稿整理画面のステップ1でアップロードし、原稿整理作業が終了したことを著者とセクションエディタにメールで伝えます。著者は、原稿整理画面のステップ1でファイル名をクリックすることによりこのコピーエディタ版にアクセスすることができ、自分のファイルに保存してから開くことができます。

著者による原稿整理のチェック: 著者は、コピーエディタにより指摘された変更をすべてチェックし、この雑誌が用意している原稿整理の手引きに従い、投稿物に対するさらなる指摘や変更を行うことができます（これは、そのような変更ができる最後のチャンスです。校正作業では、文字の間違いやフォーマット上の誤りしか直すことができません）。著者は、コピーエディタから著者に対する質問（例えば、ページ番号の抜けなど）にも回答する必要があります。著者は作業が終わったらファイルを保存し、原稿整理画面のステップ2でアップロードします。すると、コピーエディタが利用できるようになります。

メタデータのチェック: 著者は、同時に、投稿物のメタデータにも誤りや抜けがないかチェックする必要があります。メタデータは出版された際に投稿物のインデックスとして使用され、これは、どのようにインデックスされるかによりますが、読者が投稿物の存在を発見しやすくすることになります。最後に、完了欄の下にあるメールアイコンをクリックして、コピーエディタとセクションエディタに作業が完了したことを通知します。