投稿物の原稿整理ページでは、整理作業は3つのステップに分けられています。原稿整理作業は、直接投稿物ファイルに対して行い、文章の流れの改善や意味の明確化を指摘したり、投稿物が雑誌のスタイルや形式に準拠するように変更を行ったりします。その後、コピーエディタまたは著者は変更したファイルを自分のコンピュータに保存し、該当するステップでそのファイルをアップロードします。このファイルは、次のステップで使用するコピーエディタ版、または、ステップ3の場合はレイアウト作業用の版となります

ステップ 1
最初のステップでは、コピーエディタがファイル名をクリックして、ファイルをダウンロードします。コピーエディタはこのファイルを開いて、雑誌の原稿整理に関する基準に従って整理作業を行います（この基準は、雑誌管理者が雑誌設定画面でカスタマイズすることができます）。コピーエディタは、すべての変更の提案と訂正を記録するだけでなく、著者（例えば、ページ番号の抜け）や編集者（雑誌のスタイルや標準に関する問題）に質問することもできます。最初の原稿整理作業が終了したら、コピーエディタはファイルを自分のコンピュータに保存した後、それをアップロードします。これは著者用の原稿整理版となります。

ステップ1の完了: コピーエディタ版をアップロードし、メタデータをチェックしたら、コピーエディタはステップ1の完了欄のメールアイコンをクリックします。すると、ステップ1が完了したことを通知する著者およびセクションエディタ宛のメールが作成されます。セクションエディタに質問をした場合は、その旨をメールに記載する必要があります。

ステップ 2
著者は、ステップ1のコピーエディタ版をダウンロードして開き、原稿整理版をチェックします。著者に対する質問の回答は、直接ファイルに書き込みます。著者はファイルを保存して、ステップ2でそれをアップロードします。これはコピーエディタが最終の原稿整理作業で使うファイルになります。セクションエディタは、自分宛の質問にメールで回答することにより、著者とコピーエディタがお互いのファイルに対する改訂版をアップロードしないようにします。著者は完了メールをコピーエディタとセクションエディタに送り、第3ステップが開始可能になったことを伝えます。

ステップ 3
コピーエディタは、ステップ2の原稿整理版をダウンロードして開きます。そして、著者とセクションエディタの回答に基づいて（原稿整理の過程で記入したすべての痕跡を取り除いた）クリーンな版を作成します。これにより、レイアウトエディタが投稿物の出版版を作成する準備ができたことになります。コピーエディタはステップ3でこのクリア版をアップロードし、これは編集ページではレイアウト版となります。最後に、コピーエディタは完了欄の下にあるメールアイコンを使って、原稿整理作業が終了したことをレイアウトエディタとセクションエディタに伝えます。