OJSは、複数の雑誌を管理するシステムとして設計されています。サイト管理者は、サイトレベルの設定とそのサイトで提供する新雑誌の作成を担当します。各雑誌サイトは、ユーザアカウントを除き、それぞれまったく独立しています。ユーザはどの雑誌にも任意の役割で参加することができますが、同一のメールアドレスとユーザ名は、どの雑誌でも同じユーザを表します。

サイト管理者は、そのサイトで提供するすべての雑誌に適用される、サイト名、サイトの説明、連絡先情報などの基本的な情報を設定します。

雑誌リダイレクト: この設定を使用すると、すべてのリクエストを特定の雑誌のWebサイトにリダイレクトさせることができます。通常、サイトが提供する雑誌が1誌のみの場合に使用されます。

OJSは、任意の数のそれぞれ異なる雑誌のWebサイトを作成することができるので、 新雑誌はいつでも作成・管理することができます。作成された各雑誌は、サイト管理者が指定したパス名に基づいたユニークなURLを使ってアクセスすることができます。まだ構築・設定中の雑誌は、準備ができるまでサイト画面には表示されません。

OJSは、幅広い言語を使用する複数の雑誌を1つのサイトで提供する多言語システムになるように設計されています。サイト管理者はサイトが使用するデフォルト言語を指定できるだけでなく、サイトが提供する雑誌でその他の言語を利用できるようにロケールを追加インストールすることもできます。

追加言語パッケージは、通常、ユーザから翻訳の提供があった場合にオープン･ジャーナル･システムのWebサイトからダウンロードすることができます。これらのパッケージを既存のOJSにインストールし、雑誌で利用できるようにすることができます。

デフォルトでは、OJSは内蔵のデータベースを使用してユーザを認証します。しかし、LDAPなどの別の認証システムを使用することも可能です。認証システムの追加は、OJSのプラグイン機能により実装されています。詳細は、各プラグインに添付されている文書を参照してください。