査読版が決まったら、セクションエディタは査読プロセスを開始することができます。まず、「査読者の選択」ボタンをクリックします。すると、査読者のリストが表示されます。リストには査読を行える専門分野と雑誌で行った過去の記録も表示されます。セクションエディタは査読者としてふさわしいと思う査読者の「任命」リンクをクリックします。

査読者の変更: 選択した査読者がふさわしくないことがわかったら、査読を開始する前に「クリア」ボタンを使って査読者の名前をクリアすることができます（査読者にメールで通知した後は、このボタンは「査読の取消」に変わります）。通知済みの査読者を置き換える場合は、「査読の取消」をクリックします。すると、取り消しのメールが査読者に送られます。そして改めて「査読者の選択」をクリックして別の査読者を任命します。すると、その査読者に依頼メールが送信されます。セクションエディタが査読を取り消したが、査読者が既に作業を終え投稿物を更新していた場合も、セクションエディタは新しい査読者に依頼メールを送ることにより査読をやり直すことができます。査読依頼を謝絶した、あるいは査読を取り消された査読者のリストがこの投稿物に関する「査読者の謝絶と取消、これまでの査読ラウンド」に表示されます。

ピアレビューの依頼と処理の開始: セクションエディタは、査読者の依頼欄の下にあるメールアイコンをクリックします。すると、あらかじめ用意されている査読者宛のメールが開きます。メールの送信後にも、セクションエディタは、査読の完了期限日を示す週数を変更することができます。デフォルトの週数は、雑誌管理者が雑誌設定画面の2.2で設定しています。依頼メールに対する査読者からの返事が来ない場合、セクションエディタは依頼欄の下にあるメールアイコンをクリックしてもう一度依頼メールを送ることができます。あるいは、別の査読者を選ぶこともできます（上で説明した「査読者を変更」する方法に従ってください）。セクションエディタは、各査読者の査読期限日を変更することもできます。期限欄に表示されている日付をクリックしてください。

査読者のWebサイトでの回答: 通常、査読者の査読依頼に対する返答は雑誌のWebサイトにログインして行います。あらかじめ用意されているメールを使って、査読の依頼を受諾するか謝絶するかをセクションエディタに伝えます。査読者が依頼を謝絶するとその名前は「査読者の謝絶と取消、これまでの査読ラウンド」に追加され、セクションエディタは別の査読者を選択します。査読者が依頼を受諾すると、受諾日が査読者の回答欄に表示されます。指定した日数が立っても返事のない査読者に督促メールを自動的に送付するためのオプションを、雑誌管理者は雑誌設定の2.2項で設定することができます。

査読者のメールによる回答: 雑誌のWebサイトにログオンする代わりに、査読者は査読依頼を謝絶するメールをセクションエディタに送ることができます。この場合、セクションエディタは投稿物の査読ページに行き、査読者の脇にある「査読の取消」ボタンをクリックします。査読取消のメールが表示されるので、必要であれば「次回は査読いただけるようお願いします」などの文言をメールに追加して、依頼を謝絶した査読者に送ります。これにより査読者の名前が査読欄から削除されます（そして、査読者の謝絶と取消、これまでの査読ラウンドリストに追加されます）。その後、セクションエディタは別の査読者を選ぶことができます。

査読者のオンラインによる査読作業の遂行: 査読者は、（雑誌管理者が雑誌設定2.2項で入力した査読の手引きに従って）査読を行い、コメントを入力し、査読結果を答申する（プルダウンメニューからアクセプト、改訂の上アクセプト、査読のやり直し、別の雑誌に投稿、リジェクト、コメントを参照のいずれかを選択）ことにより査読を完了させます。査読者はオプションとして、投稿物に注釈をつけた版あるいは関連する追加情報のいずれかをアップロードすることができます。この場合、セクションエディタは「著者は閲覧可能」オプションを使って、著者がこれを見られるかどうかを決定します。期限日から指定した日数が立っても査読を完了しない査読者に督促メールを自動的に送付するためのオプションを、雑誌管理者は雑誌設定の2.2項で設定することができます。また、セクションエディタは査読者の依頼欄の下にあるメールアイコンを使って、表示されるメール文を督促の内容に変えることにより、督促メールを送ることもできます。

査読者のメールによる査読作業の遂行: 雑誌管理者が雑誌設定の2.2項で「メール添付による査読プロセス」を選択した場合、査読者は、査読依頼のメールの添付ファイルとして査読の手引きと共に投稿物を受け取ります。査読者は査読依頼を受諾するか謝絶するかをメールで伝えるよう求められます。査読依頼を受諾した場合は、投稿物の査読コメントと査読結果の答申をメールで送信します。メールを受け取ったセクションエディタは投稿物の査読ページに行き、査読者の名前の下にある査読ボックスを使って査読者のコメントを入力し、査読者の答申を記録します。