すべての査読結果が揃ったら、セクションエディタは投稿物に関する判断をすることになります。セクションエディタを支援するために、査読者による査読結果が自動的に「編集者と著者の通信」欄に置かれます（査読者が査読結果をセクションエディタだけに見せると指定した場合を除く）。セクションエディタは、（査読者Aのように）英文字で指定される査読者のコメントを編集することができます。セクションエディタは、判断の元となった概略を編集者と著者の通信欄で著者に説明するべきです（著者は編集者が記録した判断を見ることができないからです）。セクションエディタはこれらのコメントを著者に送信する前に保存・修正することができます。セクションエディタが著者にメールを送る際には、最新のコメントだけが送信されます。蓄積された一連のコメントは、セクションエディタと著者がこの投稿物の査読に関するそれぞれの雑誌ページでいつでも見ることができます。セクションエディタは、投稿物に提案やコメントを付した版をアップロードすることもできます。

判断の記録: セクションエディタは、アクセプト、改訂を要求、査読のやり直し、リジェクトの中から判断を選択します。セクションエディタは、まず改訂を要求という判断をして、著者に改訂版をアップロードさせ、それを見た上でアクセプトという二度目の判断をすることができます。アクセプトの判断をしたら、次に行うことは、編集ページで編集者版と著者版の中から原稿整理作業を行うための版を指定することです。デフォルトの編集版は単純に査読版ですが、セクションエディタはこの版を変更して（例えば、著者名を復活させる）原稿整理にふさわしい版としてアップロードすることができます。セクションエディタがリジェクトした投稿物は、状態がリジェクトとして記録され、アーカイブリストに移されます。

査読のやり直し: セクションエディタは投稿物に関する第2ラウンドの査読を開始することができます。まず、判断として査読のやり直しを記録します。次に、著者にこれをメールで伝え（著者は判断を見ることができないので）、査読をやり直す前に投稿物に何かする必要がある場合はその概略を説明します。著者が査読のために別の版を再投稿した場合は、それは著者版として表示され、セクションエディタはそれを再投稿物として指定します。そしてこれが第2ラウンドの査読版となります（その前に再度無名性をチェックし、必要に応じてこれを査読版としてアップロードする必要があります)。第1ラウンドの査読者は依然として表示されていますが、査読結果と答申はクリアされ、「査読者の謝絶と取消、これまでの査読ラウンド」に置かれます。セクションエディタは第1ラウンドの各査読者について、依頼欄のメールアイコンをクリックすることにより再度査読を依頼をすることができます。あるいは、査読者のクリアを使って、第2ラウンド用に別の査読者を選ぶこともできます。第1ラウンドの編集者と著者の通信は、この投稿物に関する「査読者の謝絶と取消、これまでの査読ラウンド」に置かれ、セクションエディタは必要に応じてこれを閲覧することができます。