コピーエディタは選定され、処理の開始を依頼するメールを受け取ったら、雑誌の原稿整理の手引きに従って直接、投稿物に指定の変更を行うことになります。ステップ1の最初の原稿整理では、投稿物の原稿整理を行い、最初のコピーエディタ版をアップロードします。編集されたファイルはステップ2の著者による原稿整理に送られます。次に、コピーエディタは著者に「完了」メールを送り（セクションエディタにccします）ステップ2をはじめるよう依頼します。ステップ2で、著者が変更をチェックし、質問に答え、ファイルをアップロードしたら、コピーエディタはステップ3の最終原稿整理で、クリアな最終のコピーエディタ版を作成します。この最終のコピーエディタ版はレイアウト処理に送られ、レイアウト版となります。この版に基づいてレイアウトエディタがゲラを用意する作業を開始する前に、セクションエディタはそれが雑誌の基準とガイドラインを確かに満たしていることを確認したいと思うでしょう。

原稿整理作業における編集上の質問: 最初の原稿整理の際、コピーエディタは（雑誌スタイルなどに関して）編集上の質問をしたいと思う時があるかもしれません。この場合、コピーエディタは、ステップ1を終える際に著者やセクションエディタにメールで問い合わせることになります。セクションエディタは、ステップ2においてファイル名をクリックすることによりコピーエディタからの質問をチェックし、（依頼欄のメールアイコンをクリックして）質問の回答を直接コピーエディタにメールで送ります。これにより、投稿物の最初の原稿整理に対する著者の回答に加えて別の版がアップロードされることを防ぎます。

原稿整理作業のオプション: 必要があれば（例えば、セクションエディタがコピーエディタの役割を兼ねている場合など）、セクションエディタは原稿整理の各段階で作成される原稿整理版をアップロードすることができます。この場合、コピーエディタや著者によりアップロードされた版を上書きしないよう注意が必要です。