雑誌管理者は、雑誌管理画面の雑誌セクションにおいて、雑誌に様々なセクションを作成することができます。雑誌は通常、論文、書評、研究ノート、臨床応用、解説、論説などのセクションを持っています。雑誌にセクションを設定する際、雑誌管理者はセクションエディタを指定し、そのセクションに投稿された投稿物の編集プロセス全体を管理させることができます。（編集者は編集プロセスの一環として、投稿キューにある未割り当ての投稿物をセクションエディタの一人に割り当てます。）セクションは、雑誌において異なるフォーマットやレイアウトデザインで表示される場合もあります。編集者が各号に割り当てる目次は、分割されて表示されます。ただし、ある号であるセクションにコンテンツがない場合は、そのセクションは目次に表示されません。

セクションポリシーの作成: セクションを作成する際、雑誌管理者は、そのセクションに関する簡単なポリシーを入力する必要があります。この情報を著者や読者は、「この雑誌について」ページのセクションポリシー欄で見ることができます。このポリシーにはそのセクションの対象と求める投稿物の種類を含めます。また、そのセクションへの投稿物がピアレビューされるか、インデックス化されるか、そのセクションへの投稿が開かれているのか招待論文（または編集者）に制限されているのか、論文として望ましい長さなどに関する情報を含めるべきです。

セクションのコンテンツのインデックス化: 研究文献として出版する場合（例えば、会議の告知や求人用のセクションの場合はこれに当てはまりません）、セクションのアイテムはインデックス化されるべきです。インデックス化オプションは、投稿物をインデックス化するためのメタデータを著者が入力できるようにします。メタデータは、アイテムが出版されると直ちに、オープン･アーカイブ･イニシアティブ・メタデータ･ハーベスティング・プロトコルに準拠している研究サーチエンジンやその他のインデックスサービスが利用することができます。インデックス化されたセクションアイテムは、その著者が検索ページの著者によるブラウズリストに追加され、雑誌管理者がこの雑誌のために選んだ読書ツールが添付されるようになります。

要旨の要･不要:. 書評などのセクションでは要旨を必要としません。雑誌管理者はこのオプションを使ってそのようなセクションには要旨を不要にすることができます。要旨を不要にすると、入力が求められなくなり、表示もされません。

アイテム識別子の設定: メタデータを閲覧者や（OAIハーベスティングを通じて）外部システムに提供する際、アイテムの種類が識別できなければなりません。例えば、査読論文、非審査論文、招待論文などが考えられます。

セクションコンテンツの制限: 著者の投稿を無制限に認めていない雑誌セクション（論説やインタビューなど）は制限オプションを選択する必要があります。投稿制限されたセクションへの投稿は編集者により行われるか、招待されたものでなければなりません。また、編集者やセクションエディタとして登録されている著者だけが投稿できるセクションにすることもできます。

目次にセクション名を非表示: これは、あるセクションへの投稿を依頼したり、出版済みの論文をまとめたりした場合で、読者に提供する際にセクション名を隠したい時に役に立つでしょう。